February 13th, 2021

Daniel Brighton комментирует ответы Рыжикова из Вектора

2 февраля активисты закрытого сообщества в «Телеграме» задали вопросы представителям Роспотребнадзора и научного центра «Вектор», ответы на которые чуть позже выложили на https://epivakorona.com/protokol.vstrechi02022021.htm . Неделю спустя автор нескольких вопросов дал свой комментарий к ответам на них:

7. Вопрос про His-таг и бактериальный белок в носителе.
Из ответа вырезана говорящая фраза "Финальная композиция определялась не иммуногенностью, а технологичностью производства".
Утверждение о стерической недоступности белка-носителя вызывает сомнения, поскольку у вакцинированных ЭпиВаком иногда появляются антитела к нуклеокапсидному белку при полном отсутствии антител к другим антигенам коронавируса - это заставляет подозревать стимуляцию конформационными эпитопами N-белка.
10. Вопрос про алгоритмы или принципы подбора пептидов.
Ответ на этот вопрос очень сильно меня удивил, поскольку я ожидал услышать, что Вектор использовал некий собственный предсказательный алгоритм. Но, похоже, никакие алгоритмы вообще не использовались, а какой все-таки принцип лежал в основе выбора участков - решительно непонятно. Утверждение о том, что были выбраны консервативные эпитопы, также кажется странным из-за их очевидно слабой иммуногенности и сомнительной стерической доступности, особенно с учетом того, что в момент проектирования пептидов были описаны лишь две мутации в спайк-белке, а никаким предсказанием сайтов мутагенеза Вектор тоже не занимался.
11. Про работы с нарезанным на пептиды спайком и наливанием на них плазмы реконвалесцентов и несовпадение выявленных авторами иммунодоминатных эпитопов с пептидами Вектора.
Непонятно, по какому принципу определялись "районы, которые могли бы стимулировать возникновение новых мутаций" - из ответов Александра Борисовича складывается впечатление, что подобная работа попросту не проводилась. Как он правильно заметил, при попадании полноразмерного антигена В-клетки провзаимодействуют со своими конформационными эпитопами, и все обучение иммунной системы и формирование клеток памяти пойдет заново, странный какой-то поствакцинальный иммунитет. Чем в этом контексте хороши пептиды - remains unknown.
Кстати, как минимум одна мутация встрепенувшего мир т.н. южноафриканского штамма уютно располагается четко в серединке пептида номер 3, и имя ей K417N.
12. Про конформационные эпитопы и презентацию на MHC II.
Ответ Александра Борисовича в общем-то не содержит ответа на вопрос. По-прежнему осталось неясным, как антитела к линейным пептидам и В-клетки памяти с соответствующими BCR будут взаимодействовать с нативным вирусным белком, имеющим третичную и четвертичную структуру.
13. Про заболевшую женщину и непересекающиеся пулы антител. Про положительный тест к антигенам вакцины при отрицательных тестах на все на свете антигены коронавируса.
Вставлен абзац, не звучавший на встрече. А не звучал он на встрече, потому что там написана очень странная мысль. По мнению Вектора, с антигеном могут одновременно связаться сотни антител, которые образуются к самым разным эпитопам полноразмерного белка у вакцинированных Спутником или переболевших. И это связывание сотен антител с антигеном обеспечивает высокий сигнал на ИФА. Однако нюанс здесь в том, что размеры антигена и иммуноглобулинов ну никак не позволяют сотням антител связать один антиген - максимум несколько иммуноглобулинов поместится. Чтобы убедиться в том, что антитело размером в четверть спайк-белка, можете посмотреть, например, структуру 6ZDH на PDB. Вывод из этого такой: сигнал на ИФА даже при связывании в соотношении 1:1 должен быть отличный от нуля. Почему-то на животных это именно так и работало в патенте ЭпиВака - антитела к одиночным пептидам связывали полноразмерный антиген, и никого это тогда не смущало.
18. Про индуцирующий ADCC участок в субъединице S2.
Разумеется, такой комментарий был, только давал его некий анонимный сотрудник Вектора через девочку из пресс-службы Роспотребнадзора. Очень удобный способ давать комментарии, потом можно ото всего отпереться.
В вопросе №20 MHC II превратились в НТМ 2, простите нас всех, это очепятка.
21-22. Про происхождение полноразмерного спайка, с которым работали в эксперименте, описанном в патенте.
Судя по связыванию антител к пептидам с полноразмерным антигеном в патенте, антиген на подложке в эксперименте Вектора как раз оказался денатурированным. Другого объяснения тому, что антитела к линейным эпитопам его связывали, у меня не находится.
23. Про соответствие китайского антигена реальному.
Абсолютно непонятный мне довод - подстраиваться нужно было под реальный нативный вирусный антиген, а не под рекомбинантный любого происхождения.
Бонус-комментарий: по словам Александра Борисовича, в патенте в качестве полноразмерного антигена использовали S1-субъединицу, наработанную в хеках (HEK293). При этом в патенте можно увидеть связывание антител к пептидам из S2-субъединицы с этим антигеном.
promo covid19stat april 19, 2020 07:03 13
Buy for 10 tokens
Свежее с https://matholimp.livejournal.com/1923087.html : Канун дней рождения величайших мерзавцев, сильнее других повлиявших на историю ХХ века (рамки которого задним числом разумнее определять как 1918-2018), побуждает к юбилейному тексту. На исходе первой мировой волна социалистических…